Kaum war der Verein gegründet, musste der Betrieb nach wenigen Spielen eingestellt werden. Der erste Weltkrieg verhinderte weitere Aktivitäten.
Nach Ende des Krieges war der FC Wacker Innsbruck wesentlich an der Gründung des Tiroler Fußballverbandes beteiligt.
Um dem Abstieg 1922 zu „entgehen“ fusionierte man im Sommer 1922 mit dem FC Rapid zum FC Sturm Innsbruck, der aber nach nur einem Jahr aufgelöst wurde, da sich die Funktionäre nicht einig waren.
Nach der Neugründung des FC Wacker Innsbruck stieg man bereits 1924 wieder in den Meisterschaftsbetrieb ein. Neben zweier Meistertitel in der B-Klasse (1926 und 1937), sowie einem in der A-Klasse (1938) glänzte vor allem der Sieg im Landescup im Jahre 1930.
Wieder musste der Spielbetrieb eingeschränkt bzw. teilweise auch unterbrochen werden. Der zweite Weltkrieg war ausgebrochen. Bereits 1946/47 nahm Wacker aber wieder am Meisterschaftsbetrieb teil und wurde Meister B-Klasse Oberinntal und 1949 Meister der B-Klasse Innsbruck.